Наруто: Смутное Время – ролевая игра с ответственным отыгрышем. Продуманная система боя и ролевые мастеры помогают поддержать постоянный ход игрового процесса.
А теперь к сюжету:
Действие начинается с момента праздника в Танзаку в честь Тсунаде. Коноховцы и другие шиноби не подозревали об опасности, которой они повергли все селение. А ведь последняя миссия, проваленная командой Какаши по возвращению Саске, должна была только ускорить процессы тренировки. Однако, затишье перед бурей закончилось разгромом курортного города, похищением девятихвостого, и нападением на Коноху Орочимару.
Тсунаде, жители Конохи и другие шиноби переходят в страну Ветра. По дороге на них нападают Ото. В пылу битвы смертельно ранены одни из самых сильных шиноби, нескольких похищают к Орочимару для допроса. Саннин планирует узнать секреты всех селений и сделать себя еще более сильным, обеспечить бессмертие без слишком частого переселения из тела в тело. Если он найдет способ – ему не нужен будет Саске. Только его глаза…
В Суне введено чрезвычайное положение. Там шиноби набираются сил  и дожидаются команды спасения.
Однако, команде удается спасти не всех… Акацки обхитрили шиноби, завалив пещеру и ушли с Наруто. Куда – неизвестно. Слежка поручена трем шиноби, остальные уходят докладывать в Суну.Мадара решает проверить призыв Кьюби и его контроль. Для этого ему нужна огромная площадь. Или селение…